Das Friesen-Museum besitzt ein regionalgeschichtlich bedeutendes Archiv, welches das Ergebnis einer jahrzehntelangen Sammeltätigkeit zu den verschiedenen Themenbereichen des Museums ist. Das Archiv wird regelmäßig von Wissenschaftlern, Heimat- und Familienforschern, Schülern und Studenten genutzt.

Die Materialien sind sowohl sachthematisch als auch personenbezogen geordnet. In den personenbezogenen Sammlungen handelt es sich überwiegend um Dokumente wie Kaufbriefe, Erbteilungsakten, Testamente, persönliche Briefe etc. von einheimischen Familien, die bis ins 17. Jh. zurückreichen.

Die umfangreichen thematischen Sammlungen umfassen Sachgebiete wie z.B. Seefahrt, Brauchtum, Friesische Sprache, Archäologie, Inselgeschichte, Kunst und Naturkunde. Hervorzuheben ist u. a. die Sammlung alter Schiffjournale, in die Föhrer Schiffsführer alle Vorkommnisse einer Seereise eintrugen.

Von besonderer Bedeutung sind die persönlichen Nachlässe des Arztes und Museumsleiters Carl Häberlin und des Lehrers und Heimatforschers Ocke Nerong, die umfangreiches Quellenmaterial zur Inselgeschichte beinhalten.

Auf Anregung der Landesbibliothek wurde bereits 1909 mit der Sammlung der lokalen Zeitungen begonnen. Die seitdem erschienenen Ausgaben des Inselboten, des Föhrer Lokalanzeigers und der Föhrer Zeitung sind fast vollständig vorhanden.

Besuchern steht das Archiv zur Recherche von Montag bis Freitag Vormittag und zu anderen Zeiten nach vorheriger Anmeldung zur Verfügung.